Der einzig wahre Zweck des UFP-CDC ist der Schutz der öffentlichen Gesundheit mit dem wichtigsten Aufgabengebiet der Erforschung und Prävention von Infektionskrankheiten. Im Zuge dessen sind eine allgemeine Prävention von übertragbaren und nicht übertragbaren Krankheiten, der Schutz vor umweltbedingten Krankheiten, Arbeitschutz sowie gesundheitliche Aufklärung und die allgemeine Gesundheitsföderung der Zivilbevölkerung als weitere Kernpunkte zu benennen.  

Der Auftrag des UFP-CDC umfasst also sowohl die Beobachtung des Auftretens von Krankheiten und relevanter Gesundheitsgefahren in der zivilen Bevölkerung als auch das Ableiten und wissenschaftlich Begründen der erforderlichen Maßnahmen zum wirkungsvollen Schutz der Gesundheit der Zivilbevölkerung. Dazu zählen auch die Entwicklung erforderlicher diagnostischer, experimenteller oder epidemiologischer Methodenm die nicht anderweitig verfügbar sind sowie die Bewertung gentechnischer Arbeiten und umweltmedizinischer Einflüsse und Methoden. Insbesondere Aufgaben sind also:

• Erkennung, Verhütung und Bekämpfung übertragbaren und nicht übertragbaren Krankheiten und infektionen.

• Epidermische Untersuchungen auf dem Gebiet der übertragbaren und nicht übertragbaren Krankheiten einschließlich der Erkennung und Bewertung von Risiken sowie deren Dokumentation und Aufklärung.

• Sammlung und Bewertung von Erfahrungen und Erkenntnissen des Undinen-Virus als größte medizinische Bedrohung.

• Risikoerfassung und -bewertung bei gentechnisch veränderten Organismen und Produkten.

Desweiteren vereint das UFP-CDC verschiedene Gesundheitseinrichtungen in seiner Gesamtheit: 

• Zentrale Forschungs- und Referenzeinrichtung auf dem Gebiet der biomedizinischen Wissenschaften, insbesondere von Infektionskrankheiten >>> Undinen-Virus.

• Zentrale Einrichtung für maßnahmenorientierte Analyse gesundheitsbezogener Daten.

• Zentrale Einrichtung für Qualitätskriterien und Verfahrensstsandards des öffentlichen Gesundheitsdienstes.